1814 erfolgte die Wiedergründung der Gesellschaft Jesu durch Papst Pius VII., die bald eine neue Blüte erlebte, sich in Schule und Exerzitienarbeit, in Wissenschaft und Mission engagierte und trotz vieler Anfeindungen wuchs (1853 etwa zählte der Orden bereits 5.200 Mitglieder).
In Österreich lehnten besonders die liberalen Kreise wie auch die Hofstudienkommission zuächst eine Rückkehr der Jesuiten in die Habsburgermonarchie ab. Als jedoch 1820 der Orden von Zar Alexander aus Russland vertrieben wurde, erhielten die Jesuiten von Kaiser Franz I. die Erlaubnis, sich in Galizien niederzulassen. 1829 konnte dann ein Noviziat in Gleisdorf eröffnet werden, das aber noch im selben Jahr nach Graz übersiedelte.
In Linz stellte der Hoch- und Deutschmeister Erzherzog Maximilian von Österreich den Festungsturm auf dem Freinberg für eine weitere Niederlassung zu Verfügung – 1837 trafen 23 Jesuiten ein, die sich vor allem dem philosophischen Studium widmeten, aber auch in der Seelsorge wirkten, Beichte hörten, predigten und Volksmissionen hielten.
1839 kam Innsbruck als dritte Niederlassung im heutigen Österreich hinzu, als die Jesuiten die Leitung des Gymnasiums, des Adeligen-Konvikts Theresianum und die Betreuung der Dreifaltigkeitskirche übernahmen und das Nikolaihaus als Wohnsitz der Kommunität erwarben.
1846 wurde die österreichisch-galizische Provinz geteilt und eine eigene „Provincia Austriaca" mit 154 Jesuiten errichtet.

Vertreibung 1848, Neubeginn und Ausbreitung

Im Zuge der Märzrevolution wurden die Jesuiten aus dem Kaiserreich Österreich verbannt (dieses Dekret wurde erst 1852 durch Franz Joseph I. aufgehoben) und mussten größtenteils ins Ausland gehen – zwei Mitbrüder (die Patres Max Klinkowström und Alois Kranewitter) begleiteten eine Auswanderergruppe nach Australien und begründeten so die Australische Jesuitenprovinz.
Nach dem Regierungsantritt von Kaiser Franz Joseph konnten die Jesuiten allmählich wieder zurückkehren: 1851 kamen die Jesuiten auf den Freinberg zurück und richteten dort ein bischöfliches Knabenseminar ein; 1852 wurde ein Noviziat in Baumgartenberg eröffnet (das dann 1859 nach St. Andrä im Lavanttal übersiedelte);1856 wurde in Wien dem Orden die Jesuitenkirche (Universitätskirche) am Dr. Ignaz Seipel-Platz übergeben; im selben Jahr wurde die Jesuitenschule in Wien-Kalksburg eröffnet; 1857 bewilligte Kaiser Franz Joseph I. die Errichtung einer theologischen Fakultät in Innsbruck, die der Gesellschaft Jesu übertragen wurde.
Neben den üblichen Tätigkeiten, nämlich Unterricht in Schule und Universität, Begleitung Marianischer Kongregationen, Geben von Exerzitien, Beichthören und Predigen widmeten die Jesuiten sich besonders den Volksmissionen – 1865 wurde in Steyr eine Niederlassung als Wohnstätte für die Volksmissionare begründet. Im selben Jahr erschien in Innsbruck der erste „Sendbote des göttlichen Herzens Jesu", 1877 wurde die „Zeitschrift für Katholische Theologie" gegründet.
1884 wurde in Wien-Lainz ein Jagdschloss als Ort für das Terziat erworben; 1889 wurde dann ein Exerzitientrakt angebaut. 1886 kehrten die Jesuiten nach Graz zurück, diesmal an die Stiegenkirche. 1888 wurde in Klagenfurt die Leitung des Priesterseminars übernommen. In Wien wurde in den Jahren 1899 bis 1903 die Canisiuskirche errichtet, 1909 konnten die Jesuiten wieder an die Kirche „Am Hof" zurückkehren.
Im selben Jahr bekam der Orden in Linz die Ignatiuskirche (den „Alten Dom") übertragen, während 1910-11 in Innsbruck das Canisianum als internationales Priesterseminar erbaut wurde.
Weiters gab es eine kleine Statio in Maria Taferl (1888-1894) und in den Kronländern Niederlassungen unter anderem in Budapest und Bratislava, in Trnava und Kalosca, in Mariaschein, Velehrad und auf dem Heiligen Berg in Hostein (Mähren), in Königgrätz und Prag, in Ljubljana und Zagreb, in Dubrovnik und Split, in Görz, Triest und Trient sowie in Travnik und in Sarajewo.
1909 errichtete der Generalobere die nun selbstständige und von Österreich unabhängige ungarische Provinz.
Das Wirken der Jesuiten in der Zeit bis 1918 ist hineingestellt in die vielfachen Spannungen und Auseinandersetzungen dieser Zeit: liberale, kulturkämpferische, antikirchliche, ultramontanistische Kreise kämpften um Einfluss; dazu kamen große soziale Probleme und Gegensätze, die Nationalitätenfrage in der Habsburgermonarchie usw. Viele dieser Fragen wurden von den Jesuiten aufgegriffen und entschieden (bis hin zu einer gewissen Aggressivität) angegangen.

Nach dem 1. Weltkrieg – die NS-Zeit

Als Folge des Krieges kam es zu neuen Provinzgrenzen, 1919 wurden eine tschechoslowakische und eine jugoslawische Vizeprovinz gegründet, die Zahl der Mitglieder der österreichischen Provinz sank damit von 592 auf 356. Die sich immer wieder verändernde politische und wirtschaftliche Situation stellte den Orden vor große Probleme – trotzdem ging die Arbeit an den bisherigen Standorten größtenteils erfolgreich weiter, 1925 übernahm die Provinz zusätzlich ein Missionsgebiet in China und 1934 erstmals eine Aufgabe in der Stadt Salzburg, die Seelsorgestation St. Elisabeth.
Die Machtübernahme durch die Nationalsozialisten bedrohte den Jesuitenorden und einzelne Jesuiten: der Vorarlberger P. Alois Grimm wurde am 11.9.1944, der Südtiroler P. Johann Steinmayr am18.9.1944 hingerichtet, der zum Tode verurteilte Südtiroler P. Johann Schwingshackl starb am 27.2. 1945 in der Haft. 1938 wurden die Marianischen Kongregationen verboten, in Innsbruck die Theologische Fakultät in Innsbruck und das Canisianum beschlagnahmt, in Wien das Kollegium Kalksburg als Schule aufgehoben, in Linz der Freinberg vom Militär besetzt. 1939 wurden das Jesuitenkolleg in Innsbruck sowie die Niederlassung in Graz enteignet. 1940 mussten die Jesuiten St. Andrä verlassen, das Exerzitienhaus in Lainz wurde 1941 von der Heeresstandortverwaltung beschlagnahmt.
In Wien gründete P. Georg Bichlmair die „Hilfsstelle für nicht-arische Katholiken", die nach seiner Verhaftung 1939 von P. Ludger Born im Auftrag Kardinal Innitzers weitergeführt wurde. 1941 erließ Hitler den Geheimbefehl, alle Jesuiten als „n.z.v." (nicht zu verwenden) aus dem aktiven Wehrdienst zu entlassen.

Wiederaufbau und Gegenwart

Der Krieg mit all seinen Folgen und die Unterdrückung durch das Regime hatten den Orden schwer getroffen, dennoch ging der Wiederaufbau schnell und gut voran: Das Noviziat wurde bereits 1945 wieder in St. Andrä eröffnet, die enteigneten oder beschlagnahmten Häuser wurden sukzessive zurückgegeben, sodass die normale Arbeit wieder aufgenommen werden konnte.
Die Katholisch-Theologische Fakultät kam mit Professoren wie P. Josef Andreas Jungmann oder P. Karl Rahner zu einer neuen Blüte und zog Studierende aus der ganzen Welt an. Ebenfalls in Innsbruck wurde 1964 von der MK das „Kennedy-Haus" errichtet. In Wien-Lainz wurde 1968 die „Konzilsgedächtniskirche" und daneben das soziale Bildungshaus gebaut, 1995-99 das Kardinal-König-Haus als Bildungszentrum (das seit 2007 gemeinsam mit der Caritas betrieben wird).
1952 wurde die Niederlassung „Am Hof" in Wien geschlossen, 1955 die Niederlassung in Salzburg, 1957 in Graz, 1986 in Klagenfurt, 1999 in Wien-Canisius, 2002 in Wien-Kalksburg.
Das Aloisanum am Freinberg wird seit 1991/ 92 von einem Trägerverein als katholische Privatschule in ignatianischer Tradition geführt, das Kollegium Kalksburg seit 1994.
Die Zeit seit 1945 war und ist von vielen Umbrüchen geprägt. Kirchlich hat besonders das 2. Vatikanische Konzil zu vielen Veränderungen geführt, im Bereich des Jesuitenordens die 32. Generalkongregation (1974/75) mit ihrer Bestimmung der Sendung der Gesellschaft Jesu heute als „Dienst am Glauben und Einsatz für Gerechtigkeit". Als Antwort auf die Zeichen der Zeit war das Tun der Jesuiten in Österreich bestimmt von einer umfassenden inneren Erneuerung aller Tätigkeiten. Dies schließt die Beendigung bisheriger Arbeiten und die Zuwendung zu neuen Aufgaben mit ein. So wurde beispielsweise1946 die Zeitschrift „(Der Große) Entschluss" (bis 1999) gegründet, die unter der Leitung der Jesuiten gewesenen Marianischen Kongregationen wurden zur Gemeinschaft Christlichen Lebens (GCL), aus dem von P. Walter Riener gegründeten „Sozialen Bildungswerk" wurde die „Katholische Sozialakademie" der Österreichischen Bischofskonferenz, P. Georg Sporschill begann 1991, sich um Straßenkinder in Rumänien zu kümmern. 1996 wurde in Linz das „Haus Manresa" für die Berufungspastoral errichtet. 2007 wurde das Canisianum in Innsbruck ein Internationales Theologisches Kolleg; in diesem Jahr wurde auch wieder eine Niederlassung in Graz eröffnet.